Tên của phiên bản này được tạm dịch là "tân bí ẩn giấu ấn lửa, người hùng ánh sáng và người hùng trong bóng tối". Nội dung của game tập trung vào cuộc chiến tranh anh hùng kể từ sau khi Vương tử xứ Aritia là Marusu đánh bại Hắc ám long Medius trong cuộc chiến tranh hắc ám. Marusu được người người tôn xưng là Vương tử ánh sáng, người đã cứu thế giới thoát khỏi nguy cơ diệt vong. Nhưng không mấy người biết đến sự tồn tại của những người hùng vô danh bên cạnh Marusu, những người hùng thầm lặng trong bóng tối đã giúp đỡ Marusu giành được thắng lợi trong hai cuộc chiến. Phiên bản Shin Monshō no Nazo này tập trung vào những nhân vật thầm lặng này. Game cho phép người chơi tự tạo ra nhân vật riêng của mình bằng cách đặt tên, chọn giới tính, khuôn mặt, binh chủng và một số thông tin khác như xuất thân, mục tiêu phấn đấu... Và như vậy, trong phiên bản Fire Emblem này thì Vương tử Marusu không còn là nhân vật chính duy nhất như ở các phiên bản trước nữa. Nếu Marusu là người hùng ánh sáng thì nhân vật do người chơi lựa chọn là người hùng thầm lặng giúp đỡ Marusu chiến thắng trong cuộc chiến anh hùng.